零距離科學:基因序列不代表一切,真正影響身體機能的是「開關」

我們想讓你知道的是
科學界曾經認為製作身體各部份和控制各種新陳代謝的元件,都編寫在人類基因圖譜中只佔2%的編碼區裡,但越來越多研究發現,這些基因的序列並不代表一切,真正影響身體機能的是這些基因是「開」還是「關」。
文:馬學綸(香港中文大學微生物學系博士)
圖:香港電台
在「垃圾」DNA中尋寶——基因「開關」與表觀遺傳學
科學界曾經認為製作身體各部分和控制各種新陳代謝的元件,都編寫在人類基因圖譜中只佔2%的編碼區裡,但越來越多研究發現,這些基因的序列並不代表一切,真正影響身體機能的是這些基因是「開」還是「關」。
教條不能解釋的狀況——是「變」也是「量」
經典生物學中有一條「中央教條」(Central Dogma),所說的是生物資訊的傳遞,是由DNA傳到RNA,再由RNA傳到蛋白質,傳遞方向是不會反過來的(雖然在反轉錄病毒入侵宿主細胞時會有RNA傳到DNA的情況,但在生物界中屬於少數)。按此推論,如果要改變一個人的身體狀況,就先要找出這身體狀況的分子機制,例如是由哪種酶(蛋白質)控制的新陳代謝,再改變那種酶的活性。
由這種酶的基因(DNA)開始更改,令產生的RNA同樣被更改,使後來按著RNA資訊來組合的胺基酸種類和排列產生變化。一顆蛋白質分子的功用取決於它的立體形狀,像是能讓甚麼分子嵌入,會和甚麼分子連結在一起等,改變胺基酸排列會直接改變蛋白質的立體形狀,令功用也改變。在一般情況下,酶的形狀是跟要產生作用的分子「完美嵌合」的,所以基因中鹼基(A/T/C/G)的改變(或稱突變)會令酶的功用降低,令新陳代謝效率也降低。
然而,往往被忽略的因素,是酶本身的生產,即使是立體形狀「正確」的酶,數目太少會「不夠用」,數目太多會「做過頭」,到頭來都會引致那種酶控制的新陳代謝失衡。所以,基因是「開」還是「關」,甚至可以比基因有沒有突變重要。
生物界的雙生兒悖論——相同基因組下發生的癌症

研究在相同鹼基排列下,基因表達(產生相應蛋白質)的不同的學科,稱為表觀遺傳學(Epigenetics)。其中一個常見的研究方法,是追蹤同卵雙胞胎,因為他們來自同一顆受精卵,所以他們的基因組(DNA)是百份百相同的,他們的身體狀態的不同,就只能源於生物資訊傳遞的過程或外在環境的影響。研究顯示,一對同卵雙胞胎會患上同一種癌症的機率少於百份之十,可見表觀遺傳學的影響有多大。
另一方面,科學家發現在2%的編碼區中,其實是有能消滅癌細胞的基因的,問題在於這基因是「開」還是「關」,若此基因被「關」,就很有機會引發癌症。於是,開始有科學家推斷,只要把這個基因「重啟」,就能預防,甚至治癒癌症。

基因「開關」的真面目——DNA甲基轉移酶
演化就是這麼神奇,人類知識上「後知後覺」的事情,在人類的身體裡已「早有預備」。當科學家從2%的編碼區中找到二萬個基因,也漸漸意識到每個基因都有其相應的「開關」,正正就散落在98%的「垃圾」非編碼區裡。問題是,同是DNA,非編碼區DNA又如何阻礙編碼區DNA運作?答案是,物理上的「阻礙」。
其中一種常見的情況,是一種稱為「DNA甲基轉移酶」做的「好事」。這種酶能往編碼區DNA的特定鹼基加上標籤,甲基(-CH3),結果是令這部分的基因很難被使用,DNA中的資訊不能傳遞出去,變相就是令該基因「關上」,在沒有鹼基突變的情況下,改變了相關的新陳代謝。
下一個問題是,我們能否控制DNA甲基轉移酶,把標籤加在哪個基因上,又能不能把標籤除去,把基因「重啟」?
尋找「手動開關」——生活方式如何影響基因表達
這些發現啟發了一系列後續研究,例如進食健康食品或多做運動能否把某些「開關」重啟,而研究結果亦很正面。
有一班科學家甚至把這類研究推得更前,他們觀察了一對同卵雙生的太空人,一個留在地上過一年,一個在太空站上生活一年,其間一直抽取血液樣本。研究發現,在潛在於98%非編碼DNA中的二萬個基因「開關」,竟然有九千個被「重啟」,可見人類在無重力和高劑量輻射環境下,能自行調節每個基因是否被表達,即製造相應的蛋白質。

另一個意想不到的發現,是原來這些標籤是能遺傳的。其中一個實驗是這樣的,科學家一方面給老鼠聞一種特別的氣味,同時找東西嚇牠們,產生壓力反應,而老鼠的下一代單是聞到那種氣味就會產生壓力反應,而這種反應,正正就是通過在相應基因加上標籤產生,而這些標籤能通過精子或卵子直接傳給下一代。
那麼,要怎樣解釋身體有這種機制?

演化之路上的記憶——為下一代預先「重啟」基因
科學家在一批農戶身上發現,若果一代人在農作物豐收的時期成長,他們會較易出現肥胖和其他新陳代謝病症,而他們的下一代,甚至是下兩代,即使在農作物產量差的時期成長,也同樣要面對肥胖和新陳代謝疾病問題。
這看似是「壞事」,但其實是演化來「保命」的。在農業時代開始之前,甚至是形成初期,食物供應很不穩定,如果能在食物充足時儲備資源,到食物不足時,生存率就能提高。然而,這代表跟儲備脂肪和減慢新陳代謝的基因被「重啟」,並把標籤通過精子遺傳給下一代,再下一代,使子孫未出生已得到仙祖留下來的「生物資訊」。
人類的遺傳不只是把基因組直接傳給下一代,而是同時把哪些基因有利於存活的資訊,以表觀遺傳學的形式,把生活經驗也同時傳承下去。今集《零距離科學》,會和大家探討各個表觀遺傳學實驗如何進行,以及發現基因「開關」後的各種可能性。
《零距離科學》(節目網站)集合世界各地有趣的科學紀錄片,網羅與大眾息息相關的科學資訊,啟發觀眾的好奇心和求知慾,節目逢星期五晚9時30分在港台電視31及31A播映。本集於3月20日播出。港台網站及流動程式RTHK Screen視像直播及提供節目重溫。
相關文章:
責任編輯︰Alvin
核稿編輯︰Alex
Tags:
雷亞遊戲作品下載破億的秘密,聯手Google Cloud開源又節流

我們想讓你知道的是
2011 年創立的雷亞遊戲(Rayark Inc.),從 2013 年就攜手 Google Cloud 導入相關雲端服務,雙方合作長達十年的關鍵是什麼?
2011年創立的雷亞遊戲(Rayark Inc.),秉持把感動永久留存在玩家心中的信念與堅持,不論是音樂節奏、休閒趣味、科幻動作、又或是策略RPG不同型態的作品,都希望創造出呈現時代回憶的經典製作。每回推出新款遊戲都能叫好又叫座,雷亞遊戲旗下作品的總下載數,全球上看1.3億次。
「我們的優勢,在於故事的呈現及藝術表現,創造出一個讓玩家與故事有聯結的世界觀,」雷亞遊戲技術長Alvin Chung回應。為了精進作品內涵、拓展遊戲更多可能性,雷亞遊戲從2013年就開始積極將開發架構、維運流程搬遷到雲端環境,進而讓團隊養成敏捷的協作文化。

Alvin Chung解釋,「我們希望把更多心力投入設計遊戲本身,同時優化玩家體驗服務,而不是過度分心或花太多資源去顧及底層網路架構,透過雲端工具源創造更大的效益。」若把一款遊戲從無到有,可拆分為企劃、開發、測試、上線等流程,這些不同階段的工作環境,雷亞目前是放在Google Cloud平台上運行。
完善數據治理工程,雷亞遊戲成立數據部門洞悉營運實況
一款遊戲要讓玩家感動,絕對不能只有感性要素,更需要從理性角度洞察玩家行為數據,才能讓用戶的留存保持穩定。尤其現代企業都知道,數據對於公司經營等同石油的價值,於是,雷亞決定成立數據部門,作為輔佐商業決策判斷的後勤核心團隊。
雷亞遊戲產品發行處數據分析部部長Denny Huang表示,「以前只用database,資料的細緻度不夠;打個比方,透過database只能看存摺的結餘,無法回溯歷程資訊;後來成立數據部門,把伺服器的log收進資料倉儲Google BigQuery,等於帳本的每筆明細都會留下記錄,再結合商業智慧與分析軟體Tableau,讓DAU(日活躍用戶)、MAU(月活躍用戶數)、留存率、付費率這些指標以視覺化圖表完整呈現。」

為了貼近玩家的需求、打造出更符合市場想法的作品,雷亞的營運團隊也希望藉由數據深入鞏固與玩家的黏著度,進而排除不利玩家留存的情境,就能事先透過BigQuery搭配Firebase實現A/B Testing。Alvin Chung舉例,遊戲業相當重視玩家前10分鐘的留存率,如果發現新手歷程在某一區卡關過久,他們就會調閱BigQuery內的玩家行為資料,找出用戶成長停滯的原因,進而修正遊戲的設計機制。透藉由此檢視及驗證方法,促使玩家加入遊戲的前10分鐘留存率提升50%。
盤點目前雷亞數據部門使用BigQuery的數據狀況,每天處理報表容量達9TB、單日300G流量,以及儲存操作紀錄超過300TB。如此龐大的資料量,雷亞也透過BigQuery搭配Tableau,落實更細緻的商業邏輯判斷。
Denny Huang分享其中一個情境:他們想知道玩家在特定戰場,怎麼運用卡牌的排列組合,這時候就能借助BigQuery及機器學習的運算,掌握某個關卡的通關率是否落在合理範圍。後續透過數據分析,找到禮包購買率的最佳時機點,並微調設定禮包內容物,以強化玩家購買誘因,讓特定產品付費率增加17%、 單一活動營收增加16%。
把關伺服器預算有效節流,借助BigQuery從每月縮短到每日掌握報表
如果說提升禮包購買率、留存時間拉長,對於遊戲開發商是「開源」策略,那麼透過Google Cloud來檢視整體服務的運作效率,則屬於「節流」手段。雷亞遊戲就提到,他們所部署的伺服器牽涉相當龐大的機器種類,內容涵蓋資料倉儲單元、資料庫單元、以及運算單元,運行過程勢必就會有所花費,這也是遊戲商的成本之一。
雷亞遊戲網站可靠性工程(SRE)工程師Gene Liu表示,「洞察伺服器維運數據,可以知道我們的後端服務是否有效率?服務品質如何?又或是有沒有讓玩家收到錯誤訊息狀況?透過監控整體後端服務的健康程度以及資源用量,讓我們知道研發資源需優先最佳化哪些項目。」
從上述情境可觀察到,SRE的主要工作就是要確保確保遊戲對內和對外服務的穩定,並且維持一定品質的玩家遊玩體驗。以對內服務來說,遊戲伺服器傳數據給BigQuery的過程,不但要保持通暢,而且也盡可能不會掉失任何資料。不過也因為遊戲玩家來自全球不同時區,等於系統的流量高低峰是24小時在變動;甚至若有特殊行銷檔期,玩家在同一時間大量湧入領獎勵,SRE團隊就要花更多時間在監測伺服器的運作狀態。

Gene Liu對此提到,「我們的後端服務部署於Google Kubernetes Engine之上,後端服務向BigQuery寫入資料是透過Pub/Sub,而Pub/Sub與BigQuery都是全代管的服務,可以大幅度减輕我們的工作負擔,不用手動擴展或縮減設定雲端服務所使用的資源,跟以前的維運工具相比,現在的管理模式可以節省非常多時間。」
另一方面,Gene Liu接著說,雷亞也在雲端環境架設資料視覺化網路應用程式平台Grafana,Grafana可以在網路瀏覽器內顯示資料圖表,並提供警告功能。因此一旦監測到數據峰值異常,就能立刻行動來最佳化産品的效能,或是有效排除伺服器原本不應浪費的成本。
「現在雲端服務的費用以raw data傳到BigQuery後,能透過Grafana即時檢視哪個專案的伺服器以及流量花多少錢,或發現花費異常時候,可以找到是哪個專案開的運算資源。以前要每個月收到帳單才知道費用,現在則是可以即時得知系統數據,並在數小時內掌握各項雲端服務的費用。」Gene Liu補充道。
期待以敏捷方式迭代產品,提供玩家即時又彈性服務
雷亞與Google Cloud的合作,除了上述相關應用,其他還包含Cloud Load Balancing、Compute Engine、Dataflow、Cloud Monitoring、Cloud Logging以及Google Workspace等解決方案,在其他業務及跨部門協作過程有廣泛運用。

Alvin Chung最後回應,「我們多年來觀察Google Cloud持續發布新功能,讓雷亞在做數據分析、維運上更穩定,也希望借力於雲端讓我們越來越省心,專注在遊戲的開發或加速迭代新的産品,更即時觀察市場的回應,進而縮短time to market的腳步。」
由此可見,雷亞遊戲在實現打造具時代回憶的偉大作品之際,藝術也要融合技術,除了讓玩家在遊戲過程感到幸福,同時也基於雲端應用,提供玩家快速又彈性的滿意服務。