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2007年桃園藻礁被發現是全台最大的藻礁群，2008年農委會與桃園縣政府現場勘查後列冊追蹤。但卻面臨嚴重破壞危機，農委會特生中心棲地生態組副研究員劉靜榆表示，原本桃園海岸有27公里的藻礁，因經年累月的工業污染，如今藻礁僅剩下4公里多。
台南大學附設小學學童去年6月發起一人一信給馬總統，要搶救藻礁，但至今已過大半年，在2013年的最後一天，再度寄出120張明信片，詳列101個理由支持桃園藻礁應畫設自然保留區，小朋友說「我們真的很著急」。
去年12月6日「國土保育專案小組」到桃園縣觀音、新屋溪沿岸的藻礁區視察。在地方官員解說下，小組召集人簡太郎才了解觀音工業區汙水處理廠是破壞藻生態的禍首，原因出在汙水廠功能不足，目前每天汙水量處理量僅3萬噸，但工廠排出3萬4千噸以上汙水，造成沿海地區水質汙染。
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南大附小搶救藻礁的活動指導老師張景傑說，台灣1千6百多公里海岸線，藻礁區域不到50公里，其中桃園佔27公里，但已有23公里藻礁生態死寂，僅剩4公里藻礁勉強存活。藻礁是植物造礁，1年只能生長0.1公分，桃園藻礁有7千5百年的歷史，厚度有4公尺，是相當珍貴的海洋生態。希望中央和桃園縣政府莫因經濟招商而犧牲環境保護。
去年9月劉靜榆表示就表示，政府應該以較嚴格的法規設定藻礁保護區。農委會、環保署2008年建議地方政府盡快畫設自然保護區，但這幾年毫無進展。桃園縣政雖表示要保護藻礁，但花了1000萬元預算委託研究，研究一拖結果換來了桃科招商，顯示地方政府再次為了經濟發展犧牲生態和環境。
林務局在1月1日的檢討會議中表示，到目前為止已列管上游廠商351家污染源。於101年5月7日至102年底，已稽查1,690家次、處分281家次。101年9月起執行夜間稽查貓頭鷹專案部分，至102年底共稽查504家次，告發90家次，自報停工9家次，移送法辦3家，另罰款金額達1,580餘萬元。
而昨（2）日召開的藻礁保育第4次工作會議 指出，桃園縣政府提出劃設為「野生動物保護區」，環保團體則表示應指定為「自然保留區」才能徹底保護，並表示文資法有刑責，對於違法排放污水廠商才能移送法辦以生警惕作用，不是只能用水污法裁罰60萬元，將分別送野生動物保育諮詢委員會及自然地景審議委員會審議，於1個月內作成決定。
桃園縣政府之所以傾向成立野生動物保護區，是因為可以分區合理利用，「永續利用區」仍可抓鰻苗、螺貝類，「緩衝區」可以發展藻礁觀光，「核心區」則是嚴格禁止進入。
東華大學自然資源與環境學系副教授李光中表示「野生動物保護法難以凸顯地景的獨特性」，長久而言，還是期待能朝劃設自然保留區努力，才能凸顯此地獨特的地景資源。但他也認同自然保留區適度修法有其必要性，讓管理上更具彈性。
蠻野心足協會專職律師蔡雅瀅則認為，不反對桃園縣政府劃設野生動物保護區，「但雙重劃設更有保障」，野生動物保育法只在傷及動物時才有罰則，藻礁不是動物，照顧不到。地方政府可依據自然保留區的特色，規劃經營管理計畫，保障漁民維持原利用方式，在不傷害藻礁的條件下，一年發一次許可證減少漁民不便。
