《研之有物》:真菌也會玩樂高?以分子模型想像「天然物」合成的關鍵發現

《研之有物》:真菌也會玩樂高?以分子模型想像「天然物」合成的關鍵發現
Photo Credit: 時報文化

我們想讓你知道的是

雖然科學家對天然物的催化酶所知有限,也尚未透澈了解自然界的生物合成途徑,但林曉青認為這正是研究天然物的樂趣,因為還有好多未知等著被發現。

林曉青拿出像樂高積木的okaramine化合物模型,可以看見黑色的碳原子、藍色的氮原子、紅色的氧原子是如何鏈結的。如圖中綠圈處,真菌在組合okaramine時,透過OkaE這種酶催化合成反應,將原本分離的兩個碳原子像樂高關節般拼接起來,繼而與另一個碳原子和氮原子結合成四環。

《研之有物》內文附圖-P_263
okaramine化合物結構|Photo Credit: 時報文化

放入試管的OkaE酶就像樂高關節,將原本分離的兩個碳原子催化組合成四環(綠圈處)(資料來源:Biosynthesis of Complex Indole Alkaloids: Elucidation of the Concise Pathway ofOkaramines.)

林曉青拿著okaramine化合物模型,徒手嘗試組裝兩個碳原子時,費了點力穩住結構才能將模型接上。

「用手都得花點力氣了,在真菌體內要接上四環,也需要足夠的能量,而自然界就派出OkaE酶負責催化這個過程。這是我們團隊最先發現的喔!」

林曉青露出開朗的笑容。

以合成天然物,助陣藥物研發

雖然科學家對天然物的催化酶所知有限,也尚未透澈了解自然界的生物合成途徑,但林曉青認為這正是研究天然物的樂趣,因為還有好多未知等著被發現。

「而且研究天然物,會相信真理只有一個!」林曉青解釋,「因為某個酶的功能,用各種實驗證明結果都會是同一個,這是一個不變的定律。」

團隊努力研究天然物的另一個動力,是未來的藥學潛能。以用於治療癌症的紫杉醇為例,這種天然物除了可從太平洋紅豆杉(Taxus brevifolia)的樹皮分離取得,後來發現亦可自另一相近樹種歐洲紅豆杉(Taxus baccata)之葉部,分離得到中間物,進而以半合成(semi-synthesis)方式合成紫杉醇。然而紫杉醇天然生產的量非常少,成為當時研發臨床用藥的瓶頸,因而延長藥物發展的時程。

若能了解大自然合成天然物的途徑、參與的基因以及酶等知識,未來可望由合成生物學的方式進行製備,並取得藥物來源。

但或許有人會疑惑:用人工的方式大量合成天然物,不會影響自然環境嗎?林曉青慎重地回應:「不同天然物有不同的生物活性,若決定大量做出某種有機化合物,要先想清楚其目的。然而天然物原本就合成於自然,自然必定也存在對應的生物降解機制。」

我們常說「眼見為憑」,但除了眼前「看得見」的景物,在窗外的某棵樹上肉眼所看不到的微觀世界裡,或許有一群正熱鬧地玩著「樂高」的真菌,生產著各種天然物。

延伸閱讀

  • Lai, C. Y., Lo, I. W., Hewage, R. T., Chen, Y. C., Chen, C. T., Lee, C. F., Lin, S., Tang, M. C., & Lin, H. C. (2017). Biosynthesis of Complex Indole Alkaloids: Elucidation of the Concise Pathway of Okaramines. AngewandteChemie International Edition, 56(32), 9478–9482.

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書籍介紹

本文摘錄自《研之有物:見微知著!中研院的21堂生命科學課》,時報文化出版

作者:中央研究院研之有物編輯群

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《研之有物》立體書封
Photo Credit: 時報文化

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責任編輯:羅元祺
核稿編輯:翁世航