XE重組體現身!Omicron是否將逐漸變異直到流感化?

XE重組體現身!Omicron是否將逐漸變異直到流感化?
Photo Credit: 中央社

我們想讓你知道的是

Omicron繼續變異可能有好(階梯形)、也有壞(非階梯形,也就是非預期突變),雖然清零已經不可能,但是防止大量傳播也許是減少非預期變化的好方法,這也是台灣正在做的方向。

來聊聊XE

世界衛生組織於4月5日發布的每週COVID-19(嚴重特殊傳染性肺炎、新冠肺炎、武漢肺炎)流行病學報告,表示正在追踪XE重組體,但是目前仍視作為Omicron變異株的分支。初步估計,XE比BA.2具有1.1的社區增長率優勢,也就是多出10%的傳播速度。這意味著XE比其他亞種更具傳染性。

與BA.1或原始Omicron相比,BA.2的傳播率提高了40%。不過在某些外國媒體似乎誤報成「XE比BA.2傳播速度快上10倍」,不知道是不是當地記者誤讀,Google可以找到。

世衛組織在報告中指出,「SARS-CoV-2病毒繼續進化。鑑於目前全球範圍內的高水平傳播,包括重組體在內的更多變體可能會繼續出現。重組在冠狀病毒中很常見,被認為是預期的突變事件。」

正當世界各國都有慢慢BA.2取代BA.1的趨勢,XE於1月中旬在英格蘭首次被發現,並在英格蘭造成了600多例病例(<1%的病例)。截至3月22日,在英國已發現763例XE病例。在印度、中國和泰國也已發現。

好消息是,目前Omicron所有分支,除了二劑疫苗抗感染趨近低效之外,在重症保護都仍然沒有明顯「免疫逃脫」的狀況。世衛組織表示,他們不會給XE一個希臘字母名稱,除非有一天發現傳播力和嚴重程度有顯著差異,否則仍將其視為Omicron。

就像「Deltacron」發生的情況一樣,XE很可能是在有人同時感染了兩種不同的病毒時出現的。我們現在看到越來越多的重組,因為不同的病毒同時傳播(Delta、BA.1、BA.2)加上一個人可以同時感染兩種病毒(共同感染的案例,其實在盛行區深入感染免疫力低下者還是容易發生)。

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圖片來源:The Scientist
重組可以將病毒不同譜系中發生的突變聚集在一起,從而可能產生更具致病性的病毒株

兩個亞係可以同時進入一個人的細胞。然後,當病毒試圖在細胞內復制(以進一步傳播到其他細胞)時,遺傳物質可能會混合而產生不同序列,而有XE(還有XG、XR、Xl等等)。

XE將BA.2的S蛋白序列複製並粘貼到BA.1的5'部分。其他不同位置BA.1和BA.2的混合,這導致了其他亞系名稱,如XR、XN、XP、XQ等。病毒學家Tom Peacock製作了下面的奇妙圖來展示這種現象。

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圖片來源:Tom Peacock Twitter

Omicron繼續突變下去是個好消息嗎?

這場大流行過去兩年,這種病毒並沒有提供任何關於它去向的暗示,為何這麼講?

冠狀病毒通常以階梯狀模式進化,過去流感也是如此。換句話說,以一個主要的血統為軸線,每隔一段時間,就會有一個新的變異,而其他的分支則會滅絕。如下圖圖A:

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圖片來源:Tree imbalance causes a bias in phylogenetic estimation of evolutionary timescales using heterochronous sequences

但我們還沒有在SARS-CoV-2中看到這種模式。下一個大變異不是來自上一個:Omicron不是來自Delta,Delta也不是來自Alpha。相反,SARS-CoV-2的進化看起來像上圖中的圖B。這非常令人費解。

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圖片來源:Vaccines and Related Biological Products Advisory Committee - 4/6/2022

但這也可能是因為我們沒有給它足夠的時間。僅僅兩年,因為像是普通感冒,若僅有兩年的時間觀察,也常沒有階梯狀的變化。

如果病毒從Omicron開始以階梯狀模式進化,那麼它才是從進入真正流感化的階段,成為我們可以預測的季節性疾病,包含預測他的逃脫免疫和傳播力。

如果病毒出現更多「類似流感」(上圖B)的階梯漂移方式,這是一個好消息,原因有兩個:

1. 上一株的免疫牆有一定的效力

暫時可能不會全面遭受變種病毒攻擊。這是因為約50%的美國人在10週內感染了Omicron(雖然我們從未見過病毒以這種速度傳播,相比之下,流感過往在20週內僅感染了10-20%的人群),大量感染誘導的免疫加上疫苗覆蓋,無疑將有助於建立免疫牆。

2. 變異頻率可以抓得到節奏

如果COVID-19的未來變得更加可預測,那麼我們將能夠預測突變並做好準備,就像我們每年應對流感一樣。

本週在美國食品藥品監督管理局(FDA)就這個話題進行了8小時的討論。病毒正在以驚人的速度變化,但未來 12 個月內不太可能發生重大事件。

但是病毒演化學家Trevor Bedford博士,在本周向FDA提出了兩大觀點。

首先,他明確表示病毒的變異速度非常快,它的變化速度大約是流感的四倍。在他的下圖中,您可以看到SARS-CoV-2圖比其他三個描述流感突變率的圖要陡峭得多。這意味著,與五年的H3N2(流感病毒)相比,SARS-CoV-2在短短兩年內完成了相同水平的進化。

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圖片來源:Trevor Bedford

再者,雖然我們預計SARS-CoV-2會出現「類似流感的漂移」,但近期「類似Omicron的事件」或巨大的進化跳躍也可能再次發生。

不幸的是我們在兩年內只有一個數據點(即Omicron),因此科學家們的猜測具有高度的不確定性。Bedford博士估計,每1.5到10.5年就會發生一次「類似Omicron」的事件。我們不知道這會是罕見的事件還是更常見的事件。而在接下來的一年裡,Bedford博士估計有70%的可能性,是我們不會再發生類似Omicron的事件。

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圖片來源:Trevor Bedford
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圖片來源:Trevor Bedford

根據美國國家衛生院(NIH)的John Beigal博士的說法,對於下一個「類似Omicron的事件」,實際上只有兩個可能發生:更接近Beta,或者更接近Delta,兩者都離Omicron很遠,這對針對Omicron設計的次世代疫苗不是好消息。

結論是:Omicron繼續變異可能有好(階梯形)、也有壞(非階梯形,也就是非預期突變),雖然清零已經不可能,但是防止大量傳播也許是減少非預期變化的好方法,這也是台灣正在做的方向。

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圖片來源:姜冠宇醫師

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責任編輯:朱家儀
核稿編輯:翁世航


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