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執筆的主任檢察官林漢強難掩挫敗的失落：「難道要檢方證明這桶油來自哪隻豬才叫具體？這樣會不會太誇張？」
頂新案所有被告均獲判無罪，讓起訴此案的彰化地檢署備感壓力，檢方29日抨擊彰化地院法官片面採信被告指定的鑑定證人之證詞，彰檢襄閱主任檢察官黃智勇直指：「該案是法官心證問題，不是檢方舉證不足問題。」
自由報導，檢方說，該案審理時，對於油品的衛生和生產，檢辯雙方都要求合議庭傳喚產、官、學界人士到庭作證。
檢方聲請的證人，包括台大食品科技研究所教授孫璐西、輔大食品科學系教授陳炳輝、義美公司的食安主管和衛福部的官員，都支持來源不明的原料不能進入食品加工程序。黃智勇批說，院方一直不採納，「這是法官自由心證的『不採』」，可見法官早就心證「頂新無罪」。
檢方指判決只採信被告的鑑定證人之證詞，視精煉為「科學萬能」，但食安法明訂，供人飲食咀嚼之產品及其原料，納入食品定義、管制及處罰範圍。院方用終端產品合乎標準，作為合法依據，顯然違反食安法立法意旨。
中時報導，執筆的主任檢察官林漢強強調，彰檢已依法盡到舉證責任，如果依照法官邏輯，「難道要檢方證明這桶油來自哪隻豬才叫具體？這樣會不會太誇張？」
林漢強難掩挫敗的失落，也承認檢方5名檢察官今年4月底才到越南，「時間上確實有點晚了」，因為當地的許多狀況都已被動過手腳。林認為這是台越無邦交造成時間延誤，檢方很無奈，但已盡力。
到越南的時間雖然慢了，林漢強強調並非一無所獲。在當地公安局與最高檢察署人員的協助下，檢方取得了呂氏幸與Vinacontrol人員證詞，經由採樣檢驗流程，證實Vinacontrol的檢驗報告造假，也經實地訪查，證實辯方呈給合議庭所謂大幸福上游來源的發票，根本就是人頭公司的假發票，坐實了頂新一開始就用假文件欺瞞衛福部取得合法進口文件的犯行。
聯合報導，彰化縣衛生局長葉彥伯也力挺「食品與飼料分流」的食安精神，認為法院判決根本忽略產品源頭管理的重要性，食品除符合衛生，還要考慮消費者對食品的認知和感受，並直指頂新當初向越南大幸福公司買油就是假冒、欺瞞消費者的行為，明顯違法。
葉彥伯說，大幸福是飼料油工廠，頂新向大幸福買飼料油來台報關寫成「食用油」，姑且不論這些豬油的產製過生是否衛生安全，光是報關前未經主管機關許可，進口後精煉再擅自以「食用油」販售，就是假冒行為；頂新未如實呈現油源，這種不顧民眾食用觀感的作法，就是蓄意欺瞞消費者的詐欺行為。
葉彥伯表示，被告律師把「精煉」當成脫罪萬靈丹，而法官似乎也誤以為僅以衛生標準所列的幾項檢驗，就可以完全認定食品的安全性；意即不管是什麼油，只要精煉後符合食用油標準都沒錯，這是不顧食品源頭管理的錯誤見解。
蘋果報導，彰化地方法院發言人王義閔則表示，針對檢方的評論，判決書應已有交代，強調法官獨立行使審判職權，且基於人權價值無罪推定，地院予以尊重。
「本案合議庭也知道社會大眾期待，因此審理時兼顧程序及實體正義，但食安法對食品安全規範不周延、檢察官舉證不足，基於無罪推定的普世人權價值，無法判決被告有罪，院方尊重合議庭獨立審判，也會虛心接受外界意見、指正。」
彰化地方法院新聞稿全文：
針對本院103年度矚訴字第2號、104年度訴字第314號被告頂新公司等被訴詐欺等案件判決後，引發社會大眾不滿，輿論指責不符社會期待乙情，謹說明澄清如下：
按審判獨立乃法官獨立行使審判職權，本院一向積極維護法官之此項憲法保障，俾保障法官能忠實執行憲法所賦予之審判職務，不受任何干涉。因此就法官本於法律確信依法所為之判決，均予以尊重，理性社會大眾當會認同本院一起維護與尊重審判獨立之努力，以建立國家可長可久之司法獨立審判制度。
又無罪推定係世界人權宣言及公民與政治權利國際公約宣示具有普世價值，並經司法院解釋為憲法所保障之基本人權。已經最高法院 101 年度第 2 次刑事庭會議（一）決議在案。因此，刑事訴訟法第161條第1項規定，檢察官就被告犯罪事實，應負舉證責任，並指出證明之方法。用以說服法院，使法官「確信」被告犯罪構成事實之存在。此「指出其證明之方法」，應包括指出調查之途徑，與待證事實之關聯及證據之證明力等事項。
倘檢察官所提出之證據，不足為被告有罪之積極證明，或其指出證明之方法，無法說服法院以形成被告有罪之心證者，應貫徹無罪推定原則，為無罪之判決。亦經最高法院100年5月10日100年度第4次刑事庭會議決議所揭明。否則，如檢察官所舉證據尚有不足，法院仍照單全收而為被告有罪之判決，非但與無罪推定之原則有違，且被告一旦被檢察官起訴即難逃遭法院判決有罪之命運，人權將無法確保，無辜被告勢將身陷冤獄，如此的司法才真的已死，絕非人民所需要或期待的司法。
各界對本院前開判決殷切之鞭策，本院可感受到各界對本院之高度期許，容當虛心的接受指正。而本案承審之合議庭法官就本案所涉情節，並非不知社會大眾之期待，因此乃有系統之依序審理，詳細調查各項證據，並兼顧程序及實體正義，但因食品安全衛生管理法對於食品安全之規範不夠周延，且檢察官之舉證仍有不足，乃忠於法律之規定及無罪推定原則之堅持，於判決書內詳敘本案證據不足不能判決被告有罪而應諭知無罪之理由，在此情形下不任意判決被告有罪，以迎合民眾之認知，非有超然之勇氣與堅持，或若無維護審判獨立之堅定使命感，何會甘冒遭大眾撻伐之風險？
況且本案承審之合議庭，均具堅實之法學素養，操守亦無庸置疑，不會因被告之身分、地位而致審判有所偏頗。本院希望各界能詳閱無罪判決之全部理由而理性的討論，勿僅憑片段理由即出於情緒性或臆測式的指責，期待與大家一起盡力來維護司法的獨立審判。否則，傷及本院承審之合議庭法官全心投入本案審理之用心，想必非各界所樂見，亦非國家之福。
本案尚有審級可資救濟，檢方非不能利用上訴之程序請求救濟，屆時亦可提出足使法官相信的有力佐證，本院理解檢察官於獲悉本案無罪判決後之壓力與反應，本院法官仍會秉持謙卑的態度，虛心的接受各界的指正，並願以堅定的信念與檢察官一起維護審判之獨立，並堅守無罪推定原則，共同建立司法的威信，庶能無負國人的殷殷期許與託付。
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